Как и во всех играх серии«Нэнси Дрю», в «Легенде о Хрустальном Черепе» можно умереть:

Быть укушенной ядовитым пауком
Быть покусанной пчёлами
Быть разорванной аллигатором
Выйти через запасной выход в роли Бесс
Упустить преступника
Тем не менее, если игрок допустил ошибку, он может нажать на «Второй шанс» в главном меню, и он вернется в игру в момент перед ошибкой.